印度尼西亚内陆水域面积为1385万公顷。内河鱼类的产量由一九九八年的288 666公吨稳定大幅上升至二零零八年的494,395公吨。印度尼西亚的渔业资源保护发展以保护濒危和脆弱的淡水物种和维护生物多样性完整为基础，是在社区参与下发展起来的。为了增加内陆水域鱼类种类的数量和多样化，自荷兰占领以来，在印度尼西亚内陆水域放养了17种以上的鱼类，进行了种群改良。自1912年起，在自然湖泊、洪泛区和人工湖进行了鱼类恢复和种群增强活动，并根据科学评估数据对自然湖泊、洪泛区和人工湖进行了鱼类种群增强活动。用于种群增强的物种有浮游、草食、食草和杂食的物种。

加强鱼类资源和保护鱼类资源的目的主要是维持和维持鱼类资源的数量，增加可持续的鱼类生产，保护特有物种、鱼类生态系统，以及维持脆弱和濒危物种的数量。此外，印度尼西亚的畜牧业改良还旨在减轻水库网箱养殖活动造成的系统过载的负面影响。海洋事务和渔业部(MMAF)是印度尼西亚发展加强和保护鱼类资源的负责当局。MMAF已经颁布了一些法令，以促进渔业加强和保护的目标。内陆渔业资源的加强和保护的财政问题一般由中央或地方政府发起，包括购买鱼种和运输费用。一般来说，用于提高种群的鱼种来自政府鱼场，整体而言，这是当局为公众利益而进行的一项公众活动。