生态系统水产养殖方法强调部门间的互补性，考虑到生态意义上的边界内的活动和生态系统的多种服务之间的相互作用。

本综述的主要目的是了解水产养殖与渔业相互作用在水产养殖发展的生物、技术、社会、经济、环境、政策、法律和其他方面的现状。接着分析在监管架构下如何处理这些相互作用。它涵盖了生态系统恢复力、社会和经济问题以及水产养殖与其他部门整合等方面的范围确定、优先级确定、管理工具和计划(最小化负面影响和优化正面影响)。还考虑了相关的空间尺度，特别是流域和相关的海洋水体尺度以及潜在的跨界问题。

水产养殖和渔业是分部门活动，它们往往依赖相同的资源并共享相同的生态系统边界。有效实施渔业/水产养殖的生态系统方法将需要充分了解它们之间的相互作用和相互影响。这里讨论的交互是最常见的，通常被称为问题。

水产养殖或以养殖为基础的渔业(增加种群)具有积极影响，包括:为捕捞和休闲渔业建立新的/额外的鱼类资源，提供生计，以及通过增加过度捕捞的种群来保护和改善某些渔业。潜在的不利影响包括:由于争夺食物/生境而对自然渔业资源造成的压力、捕食和可能改变自然鱼类的遗传多样性。但是，管理良好的养殖渔业可以提供所需的生物量，同时尽量减少环境影响，因为不需要外部喂养。水产养殖逃逸者可能产生与所述的增加种群类似的积极和消极影响，尽管作为一项意外事件，它们更可能对渔业产生消极影响。另一个问题是疾病向野生种群传播，可能对渔业造成影响。

在以捕获为基础的水产养殖中，积极的影响可以包括为渔民提供生计，作为种子、肉鸡和饲料的提供者;更好的价格产品和更大的收入来自最终成长的产品。潜在的负面影响包括捕获目标幼虫/幼鱼对野生种群和渔业的影响，以及副渔获物对其他渔业的影响。

利用渔业作为水产养殖的饲料，以直接饲料(如垃圾鱼/低价值鱼)和饲料成分(鱼粉和鱼油)的形式，可能会对供消费的直接渔业资源产生负面影响。另一方面，积极的影响包括为渔民提供生计以及就业和收入(鱼粉渔业)。

水产养殖系统和过程可能干扰自然栖息地和繁殖区，影响渔业(例如，为养殖虾而砍伐红树林，影响海草、繁殖栖息地，以及由于营养过剩而造成的富营养化导致的鱼类死亡)。积极的影响包括通过补充营养增加渔业生产力，特别是在营养较少的地区。

水产养殖渔业的社区的社会影响，包括通过直接参与或提供投入（种子和饲料）对当地传统渔民和家庭生计选择。负面影响包括：捕捞渔业减少和访问仅限于渔业，由于水产养殖活动。也有收获后和市场的影响，包括积极的效果，如改善市场准入，并由于水产养殖产出改善贸易和安全方面的渔业产品。也有由于增加了产品的可用性的负面影响，如市场竞争和价格下降。显然，水产养殖渔业的最重要的正面影响都涉及到种子和饲料，而水产加工废弃物和市场的有效性可以被视为有利因素水产养殖。

为了确保水产养殖和渔业和多次使用同一个水产资源的优化管理之间的紧密集成，全套生态系统的相互作用需要考虑。这包括生态功能和它们所提供的服务，以及经济，社会和文化价值的清醒的认识，人们重视这些服务。One such example is stock enhancement, which has been successfully used to mitigate nutrient overloading from aquaculture practices, thereby reducing fish kills (e.g. cultured stocks in cages) and in the same vein, increasing the output from capture fisheries in the open waters, thereby increasing fisher incomes and foodfish production, and resulting in an overall reduction in eutrophication and nutrient levels in the waterbodies, returning them to an almost original ecological status.

在监管局，水产养殖/渔业相互识别的相关问题是第一步。这必须与利益相关方，包括水产养殖和渔业的球员来完成。这些问题的根源必须得到承认和经营目标，必须在现有的政策框架内达成一致。然而，通常有必要检讨这种政策，也是目前的法规，这是必要的，以确定适当的管理措施（通常这些影响以协调的方式这两个部门），必须由相关渔业和水产养殖利益相关方的认可，并商定（包括民间社会和政府）。概念和生态系统范围内环境承载能力和水产养殖和渔业广泛的社会和经济评价指标是必需的。定期监测是需要评估的影响，并提供反馈到管理和控制。管理措施也应该寻找部门之间的互补性改善，考虑到平衡的积极和消极影响，并代际影响的需要（即什么是留给子孙后代）。通常情况下，需要体制变革，以解决渔业和水产养殖的问题，或许更多的时候有效地通过共同管理战略实施。