这是手册的第二部分分子遗传技术在水产养殖和内陆渔业管理中的应用。该部分手册的主要目的是为数据分析提供逐步的实验室操作规程和方法，以及设计群体遗传研究的指南。

范围包括最常用的遗传变异筛选技术，对不同分子遗传标记的群体遗传研究中重要参数估计方法的一般背景。第二部分包括三个部分:

第I节分子标记概述:将提供在群体遗传研究中使用的普通分子标记的概述。

第II节-实验室规程:将提供常用的分子遗传技术的循序渐进的协议。

第三部分-数据分析和项目设计:将处理数据管理方面的问题，如数据分析、解释和表示，以及设计种群遗传研究的指导方针。